Геном из "хаоса": генетики открыли новый метод секвенирования

Группа генетиков из Вашингтонского университета в Сиэттле сделала то, что их коллеги уже назвали "началом новой эры метагеномики". Из хаотической смеси микробных генов они впервые смогли вытащить полный геном микроорганизма, культуры которого они раньше никогда не имели в своих чашках Петри.

До сих пор геномы микробов можно было секвенировать двумя способами. Это можно было сделать прямым путем, выращивая культуру нужного микроба, а потом вытаскивая из нее генетическую информацию. Однако получить достаточное количество микробов чаще всего невозможно. Можно было прибегнуть к метагеномике, работающей не с культивированными геномами, а с набором всех генов, содержащихся в образце природной среды, например, в капле воды. Но до сих пор эта методика срабатывала только для тех микроорганизмов, которые в этой среде доминируют, или для близких родственников того микроба, геном которого уже секвенирован и, соответственно, есть с чем сравнивать полученный результат. Поскольку большинство микробов и их родственников в лаборатории еще не изучены, этот метод тоже далеко не всегда приводил к успеху. Группа доктора Вирджинии Армбруст опубликовала в последнем номере журнала Science статью, в которой заявляется новый, намного более мощный метагеномный метод, основанный на новых компьютерных методиках.

Эти технологии разработаны одним из участников группы, PHD-студентом Воном Иверсоном, который прежде занимался сжатием видеопотоков для компании Intel. Основываясь на полученном опыте, он разработал компьютерную программу для секвенирования, детали которой будут открыты для доступа через несколько месяцев.

Новая методика была опробована на образцах воды, взятой с поверхности океанского залива Пьюджет-Саунд. С помощью новой методики ученым удалось из хаотической смеси генов выделить полные геномы двух микробов, один из которых – Euryarchaeota – никогда не был секвенирован, и культура которого никогда в лабораториях не выращивалась. Примечательно, что микроб этот в изучаемом метагеноме отнюдь не доминировал, составляя всего 7,5% его объема.

Новая методика вызвала немедленный и восхищенный отклик у сотрудников Института Крейга Вентаре, занимающихся той же проблемой – они надеются, что она поможет им понять, как микробы делят между собой ограниченные океанские ресурсы.

Интересен и сам микроб Euryarchaeota, геном которого удалось секвенировать. Исследователи группы доктора Армбруст взялись теперь за не менее сложную задачу – воссоздать по имеющемуся геному этот весьма таинственный во многих отношения микроорганизм. "Я не сомневаюсь, что в ближайшем будущем мы расколем и этот орешек", - утверждает Вон Иверсон.

Читайте на CNews
Транспорт будущего оторвется от земли
Самолеты будущего: какими их видит НАСА?
Электромобили будут подзаряжать от дороги